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Exécuter Focal Stats sur des valeurs spécifiques en Python ?

Exécuter Focal Stats sur des valeurs spécifiques en Python ?


Je suis un programmeur débutant.

J'essaie de recréer une opération de calculatrice raster à l'aide de scripts python, mais j'ai du mal à la faire fonctionner correctement.

Je veux : vérifier un raster pour les valeurs nulles ou 0 et utiliser les statistiques focales pour colmater les trous uniquement sur ces valeurs. Dans ArcGis 10.3, mon calcul raster ressemble à ceci et fonctionne correctement :

Con( IsNull(Rasterin.tif),FocalStatistics(Rasterin.tif,NbrRectangle(5,5"Cell"), "MEAN")Rasterin.tif)

En Python, j'ai essayé des approches pour essayer de recréer cela.

J'ai essayé une instruction while pour trouver ces valeurs, mais elle fait tout le raster au lieu de corriger uniquement les valeurs que je veux (dans ce cas 0 pour que les curseurs puissent le trouver dans la table raster :

curseur = arcpy.da.SearchCursor("BadRaster.tif",['Value']) voisinage = NbrRectangle(5, 5, "CELL") while True : essayez : pour la ligne dans le curseur : pour la valeur dans la ligne : si la valeur = = 0: print 'Patching… ' outFocalStatistics = FocalStatistics("BadRaster.tif", voisinage, "MINIMUM","") print 'Saving stats… ' outFocalStatistics.save("PatchedRaster.tif") print 'Checking… ' break break sauf: break print "Finish Patching" del curseur

Et j'ai essayé de l'utiliser avec l'algèbre cartographique :

voisinage = NbrRectangle(5, 5, "CELL") con = Con(("BadRaster.tif" < 1,0,0),FocalStatistics("BadRaster.tif", voisinage, "MEAN","")) arcpy. gp.RasterCalculator_sa(con,"PatchedRaster.tif")

Votre dernière tentative d'algèbre cartographique est presque là. Essayer:

from arcpy.sa import * arcpy.CheckOutExtension('spatial') #pas requis si exécuté depuis ArcMap avec Spatial Analyst déjà activé voisinage = NbrRectangle(5, 5, "CELL") in_raster = Raster("BadRaster.tif") out_raster = Con(IsNull(in_raster), FocalStatistics(in_raster, voisinage, "MEAN",""), in_raster) out_raster.save("PatchedRaster.tif")

Apoptose de la crypte iléale induite par la chimiothérapie et immunosurveillance et pronostic de la forme du microbiome iléal du cancer du côlon proximal

Le pronostic du cancer du côlon (CC) est dicté par les lymphocytes infiltrant la tumeur, y compris l'assistant folliculaire T (TFH) et l'efficacité des réponses immunitaires induites par la chimiothérapie. On ne sait toujours pas si les microbes intestinaux contribuent à l'élicitation de TFH réponses cellulaires. Ici, nous montrons que le microbiote iléal dicte la mort cellulaire tolérogène versus immunogène des cellules épithéliales intestinales iléales (IEC) et l'accumulation de TFH cellules chez les patients atteints de CC et les souris. La suppression de l'apoptose de l'IEC a compromis l'immunosurveillance induite par la chimiothérapie contre le CC chez la souris. Les réponses immunitaires protectrices contre le CC ont été associées à la résidence de Bacteroides fragilis et Erysipelotrichaceae dans l'iléon. En présence de ces commensaux, les IEC iléales apoptotiques ont suscité PD-1 + TFH cellules d'une manière dépendante de l'interleukine-1R1 et de l'interleukine-12. Le microbiome iléal régissait l'efficacité de la chimiothérapie et du blocage de PD-1 dans le CC indépendamment de l'instabilité des microsatellites. Ces résultats démontrent que l'apoptose iléale immunogène contribue au pronostic du CC traité par chimiothérapie.